Distribuciones y asociaciones entre rasgos estructurales y de localización genómica en microsatélites de bacterias patógenas
Palabras clave:
microsatélites, SSR, repetidos en tándem, patogenicidad, polimorfismo de SSR, número de copias variableResumen
Introducción: La presencia de microsatélites en bacterias y organismos eucariontes es mayor que la esperada por azar y se desconocen en detalle las fuerzas evolutivas y los rasgos estructurales que influyen en sus dinámicas. No están totalmente esclarecidos las distribuciones de rasgos estructurales y localización en el genoma de los SSR, así como las asociaciones entre dichos rasgos, elementos que permitirían elucidar la dinámica molecular y evolutiva de estos marcadores.
Objetivo: Analizar las distribuciones y asociaciones entre rasgos estructurales de los SSR de acuerdo con el tamaño de la unidad repetida, la región que ocupan en el genoma relativa a los genes y el tipo de genoma (principal o plasmídico).
Material y Métodos: Se escogieron 59 especies bacterianas, pertenecientes a 6 filos, todas de interés biomédico. Se procesaron 2780 y 966 secuencias genómicas y plasmídicas respectivamente. La detección de SSR polimórficos se realizó con MIDAS y PSSRExtractor.
Resultados: Se obtuvieron las distribuciones de SSRs detectadas según sus propiedades estructurales y grado de polimorfismo (PIC), y se evaluaron las asociaciones entre sus rasgos. Existen sesgos para las diferentes longitudes de los patrones en regiones relativas a los genes y para el tipo de genoma.
Conclusiones: Las distribuciones y asociaciones entre rasgos estructurales de SSR según el tamaño de la unidad repetida, región que ocupan en el genoma relativa a los genes y tipo de genoma, mostraron tendencias que permiten entender mejor la dinámica molecular y evolutiva de estos microsatélites.
Palabras Claves: microsatélites, SSR, repetidos en tándem, patogenicidad, polimorfismo de SSR, número de copias variable.
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