Caracterización de los valores de ciclo umbral en oleadas de COVID-19 en Villa Clara, Cuba

María de Lourdes Sánchez Álvarez, Hilda D Roque de Escobar, Geni Hernández González, Rafael Abreu Duarte, Alina Choy Marrero, Juan José Pulido López

Texto completo:

PDF

Resumen

Introducción: La COVID-19 se caracteriza por un incremento exponencial de casos, llamado oleadas. El SARS-CoV-2 es el agente causal y se diagnostica mediante RT-PCR. El resultado positivo de esta prueba se expresa en valores de ciclo umbral. En Cuba, hasta el momento de esta investigación, no se han encontrado estudios que asocien los valores de ciclo umbral con las oleadas.

Objetivo: Caracterizar los valores de ciclo umbral en oleadas de COVID-19 en Villa Clara, Cuba.

Métodos: Estudio observacional descriptivo transversal que comprendió 1679 muestras positivas por RT-PCR-SARS-CoV-2 en tiempo real, pertenecientes a pacientes sintomáticos y asintomáticos en Villa Clara, de marzo 2020 a febrero 2021. Se realizaron los análisis de datos mediante SPSS versión 15.

Resultados: Ocurrieron tres oleadas con picos máximos en abril 2020, con frecuencia de 217 (12,9 %) casos; agosto 2020 con 40 (2,4 %), y enero 2021 con 1422 (84,7 %). La media de la primera oleada fue 29,2 y la mediana 32,0; en la segunda, la media de 26,6 y la mediana de 27,0. La tercera oleada tuvo el menor valor de la media de 25,8 y de la mediana de 26,5. Las medianas de las distribuciones de Ct en las tres oleadas variaron con un nivel de significación del 5 % [prueba de la mediana para muestras independientes p < 0,05]. En noviembre 2020 la mediana de los valores de ciclo umbral fue de < 23,2, lo que coincide con el inicio de la tercera oleada, la de mayor magnitud.

Conclusiones: El valor decreciente de la mediana de ciclo umbral antecede los meses de las oleadas, con énfasis en la tercera.

Palabras clave

RT-PCR; SARS-CoV-2; ciclo umbral; oleadas.

Referencias

Hogan CA, Huang C, Sahoo MK, Wang H, Jiang B, Sibai M, et al. Strand-specific reverse transcription PCR for detection of replicating SARS-CoV-2. Emerg Infect Dis. 2021 Feb [acceso 18/02/2022];27(2):[aprox. 3 pant.]. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7853532/

Mas Bermejo P, Sánchez Valdés L, Somarriba López L, Valdivia Onega NC, Vidal Ledo MJ, Alfonso Sánchez I, et al. Equidad y respuesta del Sistema Nacional de Salud de Cuba ante la COVID-19 Rev Panam Salud Publica. 2020 [acceso 18/02/2022];44:e138. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7737847/

Ponce Rey L, Alonso del Rivero Antigua M, Resik Aguirre S. Contribución de la Facultad de Biología de la Universidad de La Habana en el diagnóstico molecular del SARS-CoV-2 en el IPK. Rev Cubana Med Trop. 2022 Ago [acceso 25/08/2023];74(2):e863. Disponible en: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0375-07602022000200017&lng=es.

Cabrera KLL, Ordóñez K, Sierra FA. Revisión rápida sobre la utilidad del umbral de ciclos de la RT-PCR en pacientes con sospecha de infección por SARS-CoV-2. Colombia: Instituto de Evaluación Tecnológica en Salud – IETS;2020 [acceso 22/02/2022]. Disponible en: https://www.iets.org.co/Archivos/18.RSrapida_Utilidad_Ct_en_RT-PCRpara_COVID-19(VA).pdf

Abreu Duarte R, Sánchez Álvarez MdeL, González Lorenzo L, Delgado Cura NR, Rivero Pérez YF, Sánchez Padrón G. Aspectos relacionados con la toma de muestra en la detección de SARS-CoV-2 en Villa Clara. Acta Méd Centro. 2022 [acceso 22/12/2022];16(4):[aprox. 10 pant.]. Disponible en: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S2709-79272022000400738

Tso C, Garikipati A, Green-Saxena A, Mao Q, Das R. Correlation of population SARS-CoV-2 cycle threshold values to local disease dynamics: exploratory observational study. Public Health Surv [Internet]. 2021 [citado 5 Feb 2022];7:[aprox. 1 p.]. Disponible en: https://web.archive.org/web/20210716013305id_/https://publichealth.jmir.org/2021/6/e28265/PDF

Borrego Moreno JC. Factores clínico-epidemiológicos relacionados con la carga viral de SARS-CoV-2, identificada por valor de ciclo umbral [tesis doctoral]. México: Universidad autónoma de Sinaloa; 2023 [acceso 26/05/2023]. Disponible en: http://repositorio.uas.edu.mx/xmlui/handle/DGB_UAS/220

Quintana S, Giustina S, Belmonte JM, Di Gerónimo VM, Fedele S, Sanz Y, et al. Estudio del valor de Ct y el polimorfismo D/I del gen ECA1 en la respuesta al SARS-COV-2. Rev Bioq Patol Clín. 2023 [acceso 26/05/2023];87(1):[aprox. 4 pant.]. Disponible en: http://revistabypc.org.ar/index.php/bypc/article/view/239.

McNaughton CD, Adams NM, Hirschie Johnson C, Ward MJ, Schmitz JE, Lasko T A. Diurnal variation in SARS-CoV-2 PCR test results: test accuracy may vary by time of day. J Biological Rhythms. 2021 [acceso 26/05/2023];36(6):[aprox. 6 pant.]. DOI: https://journals.sagepub.com/doi/pdf/10.1177/07487304211051841

Salvatore PPDE, Reses HE, Vuong J, Pawloski TDL, Bhattacharyya S. Epidemiological correlates of polymerase chain reaction cycle treshold values in the detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Clin Infect Dis. 2021 Jul [acceso 20/04/2022];72(11):[aprox. 6 pant.]. Disponible en: https://academicoupcom/cid/article/72/11/e761/5912493.

Singanayagam APM, Charlett A, Lopez Bernal J, Saliba V, Ellis J, Ladhani S, et al. Duration of infectiousness and correlation with RT-PCR cycle threshold values in cases of COVID-19. Euro Surveill. 2020;25(32):[aprox. 1 pant.]. DOI: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001483

La Scola BLa, Le Bideau M, Andreani J, Hoang VT, Grimaldier C, Colson P, et al. Viral RNA load as determined by cell culture as a management tool for discharge of SARS-CoV-2 patients from infectious disease wards. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2020 [acceso 20/04/2022];39(6):[aprox. 2 pant.]. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7185831/

Yin N, Dellicour S, Daubie V, Franco N, Wautier M, Faes C, et al. Leveraging of SARS-CoV-2 PCR cycle thresholds values to forecast COVID-19 trends. Front Med (Lausanne). 2021 [acceso 19/06/2021];8[aprox. 1 pant.]. Disponible en: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=Yin+N&cauthor_id=34790677

El Zein S, El-Hor N, Chehab O, Alkassis S, Mishra T, Trivedi V, et al. Declining trend in the initial SARS-CoV-2 viral load during the pandemic: preliminary observations from detroit, Michigan. MedRxiv. 2020 [acceso 19/06/2021]. Disponible en: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.11.16.20231597v1.full-text

Corman VM, Landt O, Kaiser M, Molenkamp R, Meijer A, Chu D, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020;25(3):2000045. DOI: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

Laboratory biosafety manual: third edition. Geneva: World Health Organization; 2004 [acceso 11/06/2020]. Disponible en: https://www.who.int/csr/resources/publications/biosafety/Biosafety7.pdf?ua=1

Hay JA, Kennedy-Shaffer L, Kanjilal S, Lennon NJ, Gabriel SB, Lipsitch M, et al. Estimating epidemiologic dynamics from cross-sectional viral load distributions. Science. 2021;373(6552):[aprox. 1 pant.]. DOI: https://www.science.org/doi/pdf/10.1126/science.abh0635

Lippi G, Plebani M. The many clinical advantages of reporting the cycle threshold (Ct) value. Ann Translat Med. 2022;10(7):[aprox.6 pant.]. DOI: https://dx.doi.org/10.21037/atm-22-1104

Parra-Ortega ICFE, Galaviz-Hernández S, Romero-Navarro B, De la Rosa-Zamboni D, Moreno-Miranda R. Distribución de los valores del Ct en la RT-PCR para la variante Ómicron de SARS-CoV-2 al momento del diagnóstico. Rev Mex Patol Clin Med Lab. 2021;68(3):[aprox. 4 pant.]. DOI: https://dx.doi.org/10.35366/105026.

Noda Alonso SH. Variantes de SARS-CoV-2 en Cuba: motivo más para fortalecer las medidas de aislamiento. La Habana: Facultad de Comunicación de la Universidad de La Habana; 2020. Disponible en: https://salud.msp.gob.cu/

Jaafar R, Aherfi S, Wurtz N, Grimaldier C, Van Hoang T, Colson P, et al. Correlación entre 3790 muestras positivas de reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa y cultivos celulares positivos, incluidos 1941 aislamientos de coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo. Clin Infect Dis. 2021 [acceso 10/03/2022];72:[aprox. 1 pant.]. Disponible en: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32986798/

Tom MR, Mina MJ. To interpret the SARS-CoV-2 test, consider the cycle threshold value. Clin Infect Dis. 2020 [acceso 19/06/2021];71(16):[aprox. 2 pant.]. Disponible en: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32435816

Kissler SM, Fauver JR, Mack C, Tai CG, Breban MI, Watkins AE, et al. Viral dynamics of SARS-CoV-2 variants in vaccinated and unvaccinated persons. New Eng J Med. 2021;385(26):[aprox. 2 pant. ]. DOI: https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/Nejmc2102507

Zou L, Ruan F, Huang M, Liang L, Huang H, Hong Z. SARS-CoV-2 viral load in upper respiratory specimens of infected patients. N Engl J Med. 2020;382:[aprox. 2 pant. ] DOI: https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2001737

Romero Gómez MP, Gómez Sebastian S, Cendejas Bueno E, Montero Vega MD, Mingorance J, García-Rodríguez J. Ct value is not enough to discriminate patients harbouring infective virus. J Infect. 2021 [acceso 10/03/2022];82(3):[aprox. 2 pant.] Disponible en: https://www.journalofinfection.com/article/S0163-4453(20)30720-9/abstract

Asociación Colombiana de Infectología” (ACIN)-IETS GA-. Consenso colombiano de atención, diagnóstico y manejo de la infección por SARS-COV-2/COVID-19 en establecimientos de atención de la salud: recomendaciones basadas en consenso de expertos e informadas en la evidencia. Infection. 2020;24(3):[aprox. 75 pant.]. DOI: http://dxdoiorg/1022354/inv24i3851.

Memish ZA, Al-Tawfiq JA, Makhdoom HQ, Assiri A, Alhakeem RF, Albarrak A, et al. Respiratory tract samples, viral load, and genome fraction yield in patients with middle east respiratory syndrome. J Infect Dis. 2014 [acceso 25/05/2023];210:[aprox. 4 pant.]. DOI: https://citeseerx.ist.psu.edu/document?repid=rep1&type=pdf&doi=08a6aea3bf132ad58e0759489ee6969cfb8e8b2d

Mowrer CT, Creager H, Cawcutt K, Birge, Lyden E, Van Schooneveld TC, et al. Evaluation of cycle threshold values at deisolation. Infect Control Hosp Epidemiol. 2021;43(6):[aprox. 2 pant.]. DOI: https://doiorg/101017/ice2021132.

Montiel D, Torres E, Samudio M, López M, Duarte L, Vysokolán PMS, et al. Asociación del umbral de ciclos (Ct) en prueba RT-PCR para SARS-CoV-2 y severidad de la COVID-19 en pacientes de un hospital de referencia en Paraguay. Memoria. Inst. Investigando. Ciencia Salud. 2022;20(1):53-63. DOI: https://doi.org/10.18004/mem.iics/1812-9528/2022.020.01.53

Gao Z, Xu Y, Sun C, Wang X, Guo Y, Qiu S, et al. A systematic review of asymptomatic infections with COVID-19, Journal of Microbiology, Immunology and Infection. 2021;54(1):12-6. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmii.2020.05.001

Heudobler M, Baurecht H, Schmied H, Heudobler D, Jochem C, Sedlmeier AM, et al. Association of epidemiological and clinical features with PCR cycle threshold values of SARS-CoV-2 infection: a cross-sectional study. Pathogens and Global Health. 2022:1-9. DOI: https://doi.org/10.1080/20477724.2022.2158003

CEA-NANO+RNA 3.0. Sistema de Extracción Magnética de ARN a partir de muestras biológicas. Instrucciones para el uso. Centro de estudios Avanzados de Cuba; 2021

QIAamp Viral RNA Kits. Disponible en: https://www.qiagen.com/us/products/diagnostics-and-clinical-research/sample-processing/qiaamp-viral-rna-kits/

Barrera Saldaña H, Rivera Santiago C, Rodríguez Palacios R. SARS-CoV-2: Challenges in Reconverting Diagnostic Laboratories to Combat the Pandemic. Microbiol Spectrum. 2022 [acceso 29/11/2023];10(6):e01477-22. Disponible en: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9769709

Walker AS, Pritchard E, House T, Robotham JV, Birrell PJ, Bell I, et al. Ct threshold values, a proxy for viral load in community SARS-CoV-2 cases, demonstrate wide variation across populations and over time. Elife. 2021 [acceso 19(06/2021];10:[aprox. 1 p.]. Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8282332/

Enlaces refback

  • No hay ningún enlace refback.




Copyright (c) 2024 María de Lourdes Sánchez Álvarez, Hilda D Roque de Escobar, Geni Hernández Gonález, Alina Choy

Licencia de Creative Commons
Esta obra está bajo una licencia de Creative Commons Reconocimiento-NoComercial 4.0 Internacional.